A parte l'esistenza di un piccolo insediamento durante il periodo romano, fino al 1903 la penisola di Lignano sulle mappe antiche fu solo uno spazio vuoto tra la repubblica di Venezia e l’antica fortezza di Marano.
Durante il dominio della Repubblica Veneta, Lignano venne data in feudo a diverse famiglie nobiliari, fra le quali la famiglia Vendramin, feudataria di Latisana, che fece costruire nella seconda metà del XVI secolo la chiesetta di San Zaccaria.
All’inizio del XVIII secolo fu costruito all’estremità della penisola, un fortino per vigilare l’accesso alla laguna di Marano e Lignano passò al demanio militare di Venezia. Una seconda fortificazione venne poi costruita in epoca napoleonica, accanto alla caserma della Guardia di Finanza.
Le fonti storiche documentano, nel 1813, la presenza sulla penisola di circa 70 persone, inclusi i militari.

Agli inizi del 1900, Lignano era ancora una lingua di terra ricoperta da boschi di pini tra dune di sabbia modellate dai venti verso il mare e da paludi, prati salati e barene verso la laguna, collegata alla terraferma attraverso i corsi fluviali sfocianti in laguna.
Era in parte disabitata e le case dei contadini sorgevano vicino al fiume Tagliamento mentre quelle dei pescatori in prossimità della laguna.
La storia balneare di Lignano iniziò l’11 aprile 1903, quando da Marano arrivarono 6 barche con a bordo alcuni giornalisti, amministratori e politici con le rispettive consorti, per tracciare sulla sabbia la base del primo stabilimento balneare “Bagni di Porto Lignano”, una modesta costruzione in legno situata sulla punta orientale della penisola, la più lontana dalla terraferma, ma la più vicina al porto di Marano.

L’accesso via mare condizionò lo sviluppo di Lignano facendolo iniziare dalla punta estrema per poi espandersi nel corso del tempo verso ovest, fino ad arrivare al Tagliamento.
La prima strada collegava l’approdo al mare e da lì partiva una via parallela alla spiaggia e proprio su questi 2 assi si costruirono, tra il 1903 ed il 1910, i primi alberghi e le prime ville.
In seguito allo scoppio della Prima Guerra Mondiale gli alberghi si svuotarono, le ville furono chiuse ed a Lignano rimasero soltanto 3 albergatori con le loro famiglie.
Con la disfatta di Caporetto nel novembre 1917 arrivarono gli austriaci che distrussero completamente lo Stabilimento Balneare per farne legna da ardere.
A causa della malaria, diffusa nelle paludi adiacenti e all’accesso dalla laguna, lo sviluppo iniziale di Lignano fu lento ed iniziò veramente solo dopo le opere di bonifica dei territori malsani, effettuate negli anni venti, e la realizzazione del ponte girevole di Bevazzana del 1922 e della strada tra Lignano e Latisana del 1926.

Negli anni Trenta si costruì la chiesa, la darsena e la colonia marina e Lignano diventò “Stazione di Soggiorno”.
Alla fine degli anni Trenta la città registrava già 60.000 presenze, delle quali il 60% di italiani ma lo sviluppo seguito al piano regolatore del 1936, fu di nuovo frenato dallo scoppio della Seconda guerra mondiale per riprendere a ritmi sostenuti negli anni cinquanta quando la casa di villeggiatura a Lignano divenne simbolo del benessere raggiunto dalla nuova borghesia.
Fondamentale per l'urbanistica di Lignano del secondo dopoguerra fu il piano per Pineta disegnato dal noto architetto udinese Marcello D’Olivo.
Seguirono gli anni del boom economico e della balneazione di massa e dai 25.000 posti letto degli inizi anni sessanta si passò ai 75.000 posti letto del 1973.
Negli anni settanta fu costruita la nuova terrazza a mare, su progetto dell’ingegner Bernardis.
Oggi Lignano è un importante centro di turismo balneare, che d'estate richiama centinaia di migliaia di turisti diventando la città più popolosa del Friuli e tra le più mondane dell'Adriatico.