Mis à part l'existence d'un petit village à l'époque romaine, jusqu'en 1903, la péninsule de Lignano n'était sur les anciennes cartes qu'un espace vide entre la République de Venise et l'ancienne forteresse de Marano.
Sous la domination de la République de Venise, Lignano fut donnée en fief à plusieurs familles nobles, dont la famille Vendramin, feudataire de Latisana, qui fit construire dans la seconde moitié du XVIe siècle la petite église de San Zaccaria.
Au début du XVIIIe siècle, un fortin fut construit à l'extrémité de la péninsule pour surveiller l'accès à la lagune de Marano et Lignano passa sous le contrôle militaire de Venise. Une deuxième fortification fut ensuite construite à l'époque napoléonienne, à côté de la caserne de la Guardia di Finanza.
Les sources historiques documentent, en 1813, la présence sur la péninsule d'environ 70 personnes, y compris les militaires.
Au début des années 1900, Lignano était encore une langue de terre couverte de forêts de pins entre des dunes de sable modelées par les vents vers la mer et des marais, des prairies salées et des bancs de sable vers la lagune, reliée au continent par les cours d'eau se jetant dans la lagune.
Elle était en partie inhabitée et les maisons des paysans se trouvaient près du fleuve Tagliamento, tandis que celles des pêcheurs étaient situées près de la lagune.
L'histoire balnéaire de Lignano a commencé le 11 avril 1903, lorsque six bateaux sont arrivés de Marano avec à leur bord des journalistes, des administrateurs et des politiciens accompagnés de leurs épouses, afin de tracer dans le sable les fondations du premier établissement balnéaire « Bagni di Porto Lignano », une modeste construction en bois située à la pointe orientale de la péninsule, la plus éloignée du continent, mais la plus proche du port de Marano.
L'accès par la mer a conditionné le développement de Lignano, qui a commencé à l'extrémité de la pointe pour s'étendre ensuite vers l'ouest, jusqu'à atteindre le Tagliamento.
La première route reliait le débarcadère à la mer et, de là, partait une route parallèle à la plage. C'est précisément sur ces deux axes que furent construits, entre 1903 et 1910, les premiers hôtels et les premières villas.
Après le déclenchement de la Première Guerre mondiale, les hôtels se sont vidés, les villas ont été fermées et seuls trois hôteliers sont restés à Lignano avec leurs familles.
Avec la défaite de Caporetto en novembre 1917, les Autrichiens sont arrivés et ont complètement détruit l'établissement balnéaire pour en faire du bois de chauffage.
En raison du paludisme, répandu dans les marais adjacents et à l'accès à la lagune, le développement initial de Lignano fut lent et ne commença véritablement qu'après les travaux d'assainissement des terres insalubres, effectués dans les années 1920, et la construction du pont tournant de Bevazzana en 1922 et de la route entre Lignano et Latisana en 1926.
Dans les années 30, l'église, le port et la colonie marine ont été construits et Lignano est devenue une « station balnéaire ».
À la fin des années 30, la ville comptait déjà 60 000 habitants, dont 60 % d'Italiens, mais le développement qui a suivi le plan d'urbanisme de 1936 a de nouveau été freiné par le déclenchement de la Seconde Guerre mondiale, pour reprendre à un rythme soutenu dans les années 50, lorsque la maison de vacances à Lignano est devenue le symbole du bien-être atteint par la nouvelle bourgeoisie.
Le plan pour Pineta, conçu par le célèbre architecte udinois Marcello D'Olivo, a joué un rôle fondamental dans l'urbanisme de Lignano après la Seconde Guerre mondiale.
Les années du boom économique et du tourisme balnéaire de masse ont suivi, et les 25 000 lits du début des années 60 sont passés à 75 000 lits en 1973. Dans les années 70, la nouvelle terrasse sur la mer a été construite, sur un projet de l'ingénieur Bernardis.
Aujourd'hui, Lignano est un important centre touristique balnéaire qui attire chaque été des centaines de milliers de touristes, devenant ainsi la ville la plus peuplée du Frioul et l'une des plus mondaines de l'Adriatique.
