Egy kis római kori település létezésén kívül 1903-ig Lignano félszigete az antik térképeken csupán egy üres hely volt a Velencei Köztársaság és Marano régi erődítménye között.
A Velencei Köztársaság ideje alatt Lignano több nemes családnak lett hűbéri birtokba adva, többek között a Vendramin családnak, Latisana hűbéres nemességének, aki a XVI. század második felében felépíttette a kis San Zaccaria templomot.
A XVIII. század elején kis erődítmény épült ki a félsziget szélén a Maranói lagúna bejáratának védelmére és Lignano Velence katonai birtokába került. Majd egy második megerősítés épült ki a napóleoni korszakban a pénzügyőrség laktanyája mellett.
A történelmi források dokumentálják hogy 1813-ban a félszigeten 70 lakos volt jelen a katonákkal együtt.
Az 1900-as évek elején Lignano még egy fenyvessel takart földnyelv volt a mocsarak és a szél által formált homokdűnék közötti a tengernél, sós rétekkel és homokpadokkal a lagúnánál, összekötve a szárazfölddel a lagúnába torkoló folyófolyamok által.
Részben lakatlan volt és a földművesek házai a Tagliamento folyó mentén emelkedtek a halászkunyhók pedig a lagúna környékén.
Lignano fürdőváros története 1903 április 11-én kezdődött, amikor Maranóból 6 hajó ékezett néhány újságíróval, politikussal, állami rendszergazdával és kísérőikkel a fedélzeten, hogy kijelöljék a homokban az első fürdőlétesítmény alapját, "Bagni di Porto Lignano” (Lignano kikötő fürdői) néven ami egy szerény faépítmény a félsziget keleti csúcsán mely a szárazföldtől legtávolabb, de a maranói kikötőhöz legközelebb esik.
A tenger felőli megközelítés befolyásolta Lignano fejlődését, a legszélsőbb csúcstól kiindulva aztán az idők során nyugat felé kiterjedve, a Tagliamento folyóig eljutva.
Az első út a kikötővel kötötte össze és onnan indult egy párhuzamos út a strandhoz és ezen a két tengelyen épültek, 1903 és 1910 között, az első szállodák és villák.
Az első világháború kitörését követően a szállodák kiürültek, a villák bezártak és Lignanóban csak 3 szállodás maradt családjával.
Caporetto (ma Kobarid / Szlovénia) vereségével 1917 novemberében érkeztek az osztrákok akik teljesen lerombolták a fürdőlétesítményt tüzifának felaprítva.
A malária miatt mely a szomszédos mocsarakban és a lagúna bejáratánál terjedt el, Lignano kezdeti fejlődése lassú volt és csak az egészségtelen területek felszámolásával indult be igazán a huszas években, és a bevazzanai lengőhíd megvalósításával 1922-ben majd a Lignano és Latisana közötti út megépítésével 1926-ban.
A harmincas években megépült a templom, a turistakikötő és a nyári kolónia és Lignano üdülőhellyé vált.
A harmincas évek végén a város már 60.000 látogatást regisztrált amiből 60% olasz, de az 1936-os a szabályozási terv által követett fejlesztést újra lefékezte a második világháború ami tartós ritmusban az ötvenes években folytatódott amikor a lignanói villa az új polgárság jólétének szimbólumává vált.
A második világháború után alapvető fontosságú a városfejlesztéshez a Lignano Pineta városnegyedre tervezett ismert udinei építész, Marcello D'Olivo munkája.
A gazdasági fellendülés és a tömeges fürdőzés évei következtek és a kezdeti 25.000 férőhely a hatvanas évek elején 1973-ban 75.000-re nőtt.
A hetvenes években felépült az új "terrazza a mare" (terasz a tengeren), Bernardis mérnök terve alapján.
Ma Lignano egy fontos üdülőtelepülés mely nyáron többszázezer turistát vonz Friuli tartomány legnépesebb városává válva és az egyik nagyvilágibb az Adriai tengernél.